Streett dice que desde el cuarto siglo d.c. los Cristianos han usado Filemón para apoyar las posiciones tanto en contra de como a favor de la abolición de la esclavitud. Crisóstomo, Jerónimo, Teodoro de Mopsuestia, Martin Lutero, y otros defendían a la esclavitud. Los Carpocracianistas, Donatistas, y Juan Calvino rechazaron a la esclavitud.

Juan Knox plantea que el amo de Onésimo era Arquipo, no Filemón, y las instrucciones a Arquipo en Colosenes 4.13 tienen que ver con esta carta. Además, dice que esta carta es la "carta a los Laodiceos" mencionada en Colosenses 4.16.

P. Lampe, B. Rapske, J. D. Dunn y otros plantean que Onésimo buscó a Pablo como un amicus domini, un refugio religioso para mediar la disputa entre él y su amo. Esta costumbre era común entre esclavos el el mundo romano.