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La iglesia oriental lo aceptó, pero era porque asumió que Pablo era el autor.

Hebreos fue reconocido y usado en la iglesia occidental por 1 Clemente, Pastor de Hermas y otros, pero no fue tratado como canónico al principio. Hubo disputa sobre Hebreos en la iglesia occidental. En parte esto fue porque dudaban que un apóstol lo escribió. Pero en parte fue por causa de su abuso en la controversia Montanista. Algunos usaron Heb. 6.4-6 para decir que los que pecaron después de su bautismo no podían arrepentirse.

El hereje Ario usó Hebreos 1.4, 3.1-2 y otros textos para decir que el Hijo fue creado y solo llegó a ser superior a los ángeles. En cambio, Atanasio usó textos como 1.3 y 13.8 para afirmar la divinidad de Jesús.

La aceptación en la iglesia oriental eventualmente convenció a la iglesia occidental, con la ayuda de Jerónimo y Agustin.