El libro en sí es anónimo y no da el nombre de su autor. Hay dos niveles de autoría de Juan. Desde el segundo siglo, la autoría de Juan tradicionalmente ha sido atribuida a Juan el hijo de Zebedeo, uno de los doce apóstoles de Jesús. Pero también se puede hacer un sólido argumento de que Lázaro, un amigo que Jesús resucitó de los muertos, fue el discípulo amado. Ya que el libro es anónimo, las decisiones sobre la autoría de este Evangelio no minan la inspiración divina de este libro. La costumbre de los comentaristas hoy en día es de usar "Juan" para referirse al autor del Evangelio, independientemente de lo que creen acerca de la autoría del libro.