La carta de Judas inicia como una típica carta antigua, con referencias al autor y los destinatarios, y una bendición (vv. 1-2)

Versículos 3-4 actúan como puente al cuerpo de la carta, anunciando el propósito del autor (v. 3) y la situación que provocó la composición de la carta (v. 4).

La carta de Judas no concluye con los elementos típicos que normalmente aparecen al final de una carta antigua. Más bien se termina como sermón antiguo, con una doxología (24-25).

Para bosquejar el cuerpo de la carta, podríamos notar la división entre las oraciones declarativas (5-16) y las oraciones imperativas (17-23). Pero esta división es engañosa, porque el verbo imperativo en v. 17 (μνήσθητε, "Recuérdense") sólo actúa para llamar la atención de los lectores a la declaración en el resto del versículo. En realidad, versículos 17-19 continúan la descripción de los impíos. La nueva sección con las verdaderas exhortaciones empieza en v. 20.

Así que el cuerpo de la carta se divide en dos secciones:

• La descripción de los impíos que invadieron la iglesia de los destinatarios (5-19)
• Las cosas que los destinatarios deben hacer para enfrentar la influencia mala de los impíos (20-23)

Varios comentaristas han notado una estructura quiástica en Judas:

A: Judas urge a los destinatarios a defender la fe (v. 3)
B: Judas anuncia el problema, la llegada de los impíos (4)
B: Judas describe el problema, el peligro de los impíos (5-19)
A: Judas da exhortaciones específicas que explican cómo defender la fe (20-23)

La sección que describe a los impíos (5-19) se puede dividir en cuatro argumentos. Los primeros dos argumentos empiezan con tres ejemplos del Antiguo Testamento cada uno:

• Israel, los ángeles, y Sodoma (5-7)
• Caín, Balaam, Coré (11)

Los otros dos argumentos empiezan con citas a textos el autor considera autoridades:

• 1 Enoc 1.9 (14-15)
• 2 Pedro 3.3 (17-18)

Cada argumento tiene dos partes:

• Empieza con los ejemplos y citas mencionadas arriba.
• Después sigue una descripción de los impíos, para mostrar la manera en que el texto tiene que ver con estos impíos. Cada descripción usa la palabra οὗτοι ("estos") para referirse a los impíos (8, 10, 12, 16, 19).

El primer argumento (5-10) es distinto porque la descripción de los impíos se interrumpe con un texto adicional de apoyo en v. 9 (la disputa entre Miguel y el diablo). La descripción de los impíos se reanude en v. 10.

La sección de exhortaciones (20-23) es la parte de la carta que el autor más quiso enfatizar. Se divide en dos oraciones gramaticales.

• La primera oración (20-21) da cuatro exhortaciones, todas relacionadas al cuidado espiritual de los oidores mismos. La exhortación principal es "consérvense en el amor de Dios", y hay tres participios que explican cómo los oidores pueden conservarse: edificándose en su fe, orando en el Espíritu, y esperando la misericordia de Jesucristo.
• La segunda oración (22-23) da tres exhortaciones, todas relacionadas con las acciones que los oidores deben tomar con respecto a tres grupos que han sido afectadas por los impíos: los oidores deben convencer a algunos, rescatar a otros, y mostrar misericordia (de manera cuidadosa) a otros.